יונתן, שכל מקורביו כינוהו בשם החיבה ג'וני, בן אן וצמח הימן נולד ביום י' בסיון תרצ"ב (14.6.1932) בירושלים. הוא למד בבתי הספר "בית הילד" ו"בית הכרם" בירושלים, ואת לימודיו התיכוניים סיים כתלמיד המגמה הריאלית בבית-הספר התיכון שליד האוניברסיטה בירושלים. בתקופת לימודיו בבית-הספר היה חבר בתנועת הצופים ופעל בה כחניך וכמדריך. ב-1946 עוד בהיותו תלמיד בבית-הספר התיכון הצטרף יונתן לארגון ה"הגנה". במסגרת זו סיים קורס סמלים וב-1948 בהיותו כבן 16 אף השתתף בקרבות להגנת ירושלים, בתקופת המצור. עם סיום למודיו, במסגרת שירותו בנח"ל נמנה עם מיסדי קבוץ תל-קציר. הוא שהה במשק בין השנים 1949 ו-1953. במשק שימש בתפקידים שונים, ותקופה ארוכה מלא תפקידים של גזבר ומרכז המשק. ביוני 1953 לאחר התלבטויות מרובות, עזב את המשק וחזר לירושלים. הוריו שהו אז בשליחות בחו"ל והוא דאג לשני אחיו הצעירים ממנו. לגביהם הווה אוטוריטה, אח בוגר, מדריך ודואג. הוא נרשם וסיים את לימודיו בפקולטה למשפטים באוניברסיטה העברית בירושלים בתקופת לימודיו באוניברסיטה הוצע לו לשמש כיושב ראש הסתדרות הסטודנטים. יונתן שהתנגד בכל תוקף לפוליטיזציה של הסתדרות הסטודנטים התנה את בחירתו על בסיס של בחירה אישית וסירב להציג את מועמדותו כמייצג מפלגה כלשהי. ב-1956 נבחר כיו"ר הסתדרות הסטודנטים בהתאם לקריטריונים שהעמיד. עוד בתקופת לימודיו ואחריה הרבה בנסיעות בעולם, הוא לא האמין בטיולים הבנויים על מעבר מהיר מארץ לארץ, ושהה תקופות ארוכות בארצות שונות במטרה להכיר את תושבי הארץ, תרבותם ומנהגיהם. בנסיעות אלה הרחיב מאוד את אופקיו וקשר קשרים רבים עם אנשים שונים. עם סיום לימודיו והתמחותו, עבד במשרד עורכי דין בירושלים, וכעבור שנים אחדות פתח משרד עצמאי, וראה ברכה רבה בעבודתו. ב-1960, נשא לאשה את חברתו חוה שהיתה אז סטודנטית באוניברסיטה בירושלים. ב-1968 נולדה בתו הבכירה עפרה וב-1972 בנו גיא. יונתן גויס לצה"ל ב-1953. כיוון שהיה בעל עבר צבאי עשיר גויס ישר לשירות מילואים. מפקדיו שהעריכו אותו כאדם וכחייל מהרו לשלוח אותו לקורס קצינים ובעקבותיו לקורס קציני מודיעין. פעולותיו ויכולתו כמפקד זכו לשבחים רבים. מפקדיו תיארוהו כמפקד הדורש הרבה, אך הדורש קודם כל מעצמו. פקודיו הגדירוהו כ"מפקד שאחריו הולכים בעיניים עצומות". ב-1967 השתתף בקרבות לשחרור העיר העתיקה בירושלים. בקרב זה עבר חוויה קשה של קרב פנים אל פנים, כשלידו נהרג מפקדו וידידו – מפקד הגדוד. מפקדיו פנו אליו בבקשה לעבור קורס מפקדי פלוגות ולעבור לשירות בחיל השריון. אחרי התלבטות קצרה ומתוך הרגשה פנימית חזקה שבחיל זה יוכל לתרום את מלוא יכלתו עבר את הקורס, סיים אותו בהצלחה רבה והועבר לשריון. בבוקר בו פרצה מלחמת יום הכיפורים, מששמע על הגיוס הכללי, ועוד לפני שהספיקו להתקשר אליו מיחידתו, עלה על רכבו ונסע אל מקום ריכוז היחידה. השתתף בקרבות הבלימה ברמת הגולן וקרבות הפריצה אל המובלעת הסורית. ביום י"ב בתשרי תשל"ד (8.10.1973) נפגע באש נק"ל של חיילים סורים ונהרג. הוא הובא למנוחת-עולמים בבית-הקברות הצבאי בהר-הרצל, בעיר בה נולד, גדל והקים את ביתו ומשפחתו. עוד בילדותו ניכרה בג'וני תערובת של נער ער ומלא חיים המוכן למעשי קונדסות ושובבות מחד, ומידה רבה של בגרות ורצינות מאידך. הוא היה פעיל מאוד מבחינה חברתית וברוב המסגרות החברתיות בהן חי ופעל היה בדרך כלל הציר שסביבו התפתחו האירועים החברתיים השונים. הוא היה אופטימי, עליז, מלא חיים וסקרנות ובעל חוש הומור בלתי רגיל. הצד השני של אישיותו היה רציני מאוד. הוא הרבה לקרוא והתעניין בתחומים רבים ושונים החל בספרות, שירה וכלה בהסטוריה, ארכיאולוגיה, גיאוגרפיה ומדע. לכל אחד מנושאים אלה הקדיש זמן רב והכירם בצורה יסודית ומעמיקה. מקורביו תהו תמיד כיצד הוא מצליח לחלק את זמנו על פני תחומים רבים ומגוונים כל-כך ולהכירם על בורים. יונתן היה בעל חוש בלתי רגיל לצדק ובעל יושר פנימי רב. הוא חי ופעל עפ"י עקרונות בהם האמין מבלי להיות מושפע מ"אופנות" או דעות של אחרים. מעולם לא ניסה לכפות את דעתו הוא על אחרים, אך בשל אישיותו החזקה התקבל בין חבריו ופקודיו כסמכות וכמנהיג טבעי. הוא אהב מאוד את הארץ והרבה לטייל בה וכמעט לא היתה פינה בארץ אליה לא הגיע. בחופשותיו היה נוהג לטייל, יחד עם אשתו, ברחבי הארץ. אהבתו העמוקה לארץ, אמונתו בחשיבות קיומה כמולדת לעם היהודי הוותה שקול מרכזי בהחלטתו לעבור לחיל השריון. הוא התנגד לחינוך הנוער וחינוך ילדיו הוא לאור המימרה הידועה של "טוב למות בעד ארצנו". "יש לחנך אותם", נהג לומר, ש"טוב לחיות בעד ארצנו" ו"לחיות בעד ארצנו" – כלל הכל – צורת חיים, השקפת עולם, דרך חיים ואת הכורח ואמונה הפנימיים שכדי לשמור על ארץ זו – צריך להיות מוכן לוותר על הכל למענה. בתוך עסוקיו הרבים נשמר המקום המרכזי למשפחתו. ג'וני היה בן מסור מאוד להוריו, אך בעיקר היה בעל ואב נפלא. שני ילדיו היו מרכז עולמו, הוא הקדיש להם כל רגע פנוי. מאז הולדת ילדיו היו כל מעשיו ותוכניותיו מוקדשים להם. הוא לא הספיק. כשנהרג היתה עפרה בת חמש וגיא בן עשרה חדשים בלבד. לפני יציאתו החפוזה למלחמה, בבוקר יום הכיפורים אף לא הספיק להפרד ממשפחתו. את מלות הפרידה האחרונות אופטימיות כרגיל, מצאה אשתו, כתובות בחפזון על פתק שהשאיר לפני יציאתו: "יקרים שלי, להתראות בקרוב מאוד. אבא" ג'וני יצא למילואים כשבוע לאחר הולדת בנו גיא. אף שכנראה יכול היה לקבל שחרור ממילואים סירב לבקשו. במכתב לאשתו כתב: "…בעצם לא התכוונתי להאריך וכל מה שרציתי להגיד לך שאני אוהב אותכם. אוהב כל-כך עד כדי כאב (מסתבר שבכל משפט בנלי יש הרבה אמת) …אני יודע שהדברים – ההשוואה בין אהבתי אליכם לאהבה לצבא – נאמרו בשעה של רוגז ומתח ושאולי כבר נשכחו, אבל אני מרגיש שאני רוצה להתיחס אליהם, אינני יודע אם אצליח להסביר אבל אני חייב לנסות. כשהרהרתי בהשוואה זו, רציתי בתחילה לומר לך שאי אפשר להשוות, שאין קשר בין הדברים. אך ככל שהרביתי לחשוב – הרי לא רק שיש קשר, אלא שהקשר הוא הדוק ביותר, וסבוך לא פחות. השאלה איננה אם אני אוהב את הצבא. הנקודה היא שאני אוהב אתכם. וזהו הקשר. לאהוב אתכם פירושו ליצור עבורכם את מה שאני מאמין כעולם הטוב ביותר שניתן לחיות בו ועולם זה זו המדינה הזאת. את זוכרת ערב השואה כשראינו ילדים קטנים בגילה של עפרה'לה ובוודאי היו גם כאלה בגילו של גיא, מובלים לטבח, ללא כל סיבה, רק מפני שלא היה מי שיגן עליהם, ודיברנו אז על זכות קיומה המוסרי של מדינת ישראל – את אמרת זאת. ובכן זהו. קיומה של מדינה חזקה היא הערובה היחידה ששואה כזאת לא תחזור שוב. זהו הדבר שצריך לשמור עליו כדי לקיים אותה צריך, מלבד כל הדברים האחרים שאני מאמין בהם, מישהו שישמור אותה כזאת – חזקה! וזאת הסיבה שאני רץ, כפי שאת טוענת וצודקת, לכל קריאה ואף בלעדיה. אולי הרבה יותר מחברינו. אבל אני מאמין שרק כך אני יכול להבטיח לכם, לנו, חיים, כמו שאני מאמין בהם. ואולי יום אחד כשעפרה'לה וגיא יגדלו אוכל להסביר להם את הדברים ולהגיד להם שהייתי חלק מזה, חלק מההבטחה לחיים…"
